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　　除此之外，马来西亚也有大约60间的华文独立中学，主要由华人赞助维持创办的，如新山宽柔中学与居銮中华中学。独中的运作是由华校董事联合会总会和华校教师会总会（合称董教总）负责，也就是马来西亚华校董事联合会总会。
　　
　　在引进大学预科班制度之前，想要进入政府公立大学的学生，必须完成额外的18个月中学中六教育，并参加马来西亚高等教育文凭考试（“STPM”），相当于英国的高级或普通教育文凭高级程度。1999年，政府开始引进大学预科班（马来语：KolejMatrikulasi）课程，使之成为中六以外的另一个选项。在大学预科班修完为期10个月课程的学生，即可报读本地大学。然而，大学预科班仅保留10%的名额给非土著学生。
　　
　　马来西亚政府提供的小学与中学教育皆免费。2003年、2004年教育经费开支约190.33亿林吉特和215.17亿林吉特，2005年教育经费预算为231.1亿林吉特。2003年，小学适龄儿童入学率为98.5%，10岁以上人口识字率为95%。每18名小学生一名教师，每16名中学生一名教师。全国有马来亚大学、马来西亚理科大学等20所国立高等院校，近年来私立高等院校（例：拉赫曼大学和拉赫曼大学学院等）的发展蓬勃，拥有包括6所外国大学分校在内的私立高校662间。2003年在校大学生29.05万人。全国共有470多家公共图书馆，藏书1130万册。